Aquamidu nie można stosować u pacjentek w ciąży, lub karmiących piersią, chorych na choroby z autoimmunoagresji (choroby o podłożu immunologicznym - np. stwardnienie rozsiane, colitis ulcerosa, choroby reumatyczne itp.) oraz pacjentek przyjmujących leki przeciwkrzepliwe. Aquamid nie może być podany w obecności aktywnych ognisk infekcji np. opryszczki, stanów zapalnych zębów, przeziębienia itp.